La primera etapa de la historia de la lepra, de más de trescientos años, se puede establecer desde el ingreso de esta enfermedad al Nuevo Reino de Granada en el siglo XVI, hasta 1873, cuando Hansen descubrió el bacilo responsable de ella; el sufrimiento en la primera fue provocado por la evolución de la propia enfermedad, el estigma y el aislamiento social impuesto;

El estigma en la primera etapa fue asociado a las deformaciones corporales, a la idea de contagio de esa época y al discurso religioso cristiano; El discurso médico en la primera etapa se centró en el debate entre los partidarios de las teorías hereditarias y la idea de contagio de esa época; Los recursos terapéuticos de la primera etapa fueron totalmente empíricos y prácticamente inútiles.

Las instituciones médicas de la primera etapa fueron los Lazaretos en Cartagena, Caño de Loro, El Curo, Contratación, Agua de Dios; Las instituciones religiosas de la primera etapa estuvieron marcadas por la obra de los jesuitas en Cartagena, en especial, en el siglo XVII, por la de San Pedro Claver; Las instituciones educativas y culturales de la primera etapa brillaron por su ausencia; Los auxilios y subsidios en la primera etapa fueron reducidos a darle al enfermo que se encontraba en los lazaretos un estipendio mínimo para sus sostenimiento.