La segunda, de 88 años de duración, desde ese año hasta 1961, época enmarcada por la respectiva pérdida y la recuperación de los derechos civiles de los enfermos; En la segunda él fue ocasionado por la evolución de la propia enfermedad, el estigma y por el secuestro y el severo aislamiento y confinamiento impuesto por el discurso médico contagionista, y la pérdida de los derechos civiles; el se incrementó por la asociación de los anteriores con el temor acendrado por la idea de su contagiosidad bacteriana; en la segunda etapa el triunfo arrollador inicial de la teoría bacteriana lentamente dio cabida a la idea del papel del sistema inmunológico y de los factores sociales; en la segunda apareció el aceite de chalmugra y se hicieron investigaciones sobre la seroterapia; en la segunda fueron la Academia Nacional de Medicina, la Junta Central de Higiene, el Ministerio de Higiene, el lazareto de Caño de Loro hasta 1950, y los lazaretos de Contratación y Agua de Dios; surgieron y se desarrollaron las obras de las órdenes de los Salesianos, de las Hermanas de la Presentación y del Sagrado Corazón y María y en menor grado la de de los cristianos no católicos. en la segunda se crearon las salas cunas e internados para los hijos sanos y apartados de sus padres enfermos, se le ofreció al enfermo un auxilio que fue denominado despectivamente por estos como la "guayaba", El conjunto arquitectónico principal del Sanatorio de Agua de Dios, tiene su momento de pleno desarrollo en el segundo periodo. A ésta segunda etapa corresponden también lo más característico de la historia de la lepra en Colombia: las cédulas de los enfermos, los permisos, el conjunto de leyes que regulaban la vida en los lazaretos, las monedas, etc